Viele Seevogelarten nutzen das Archipel zur Fortpflanzung. So auch der Galapagos-Albatros, der mit einer Flügelspannweite von bis zu 2,4m die Lufthoheit besitzt. Zu ihm gesellen sich Fregattvögel, acht Pelikanarten, Möwen, Kormorane, Tölpel, Reiher, Finken und der Galapagos-Bussard.

Zu den einzigen Säugern zählen der Galapagos-Seelöwe und die Galapagos-Pelzrobbe.

Die Galápagos-Pinguine nehmen eine Sonderstellung ein. Gewöhnlich leben Pinguine nur in Gebieten mit kalten Gewässern wie der Antarktis. Durch den Einfluß des Humboldtstroms lebt auf Galápagos die nördlichste Pinguinart der Erde.