Bislang sind 379 Reptilienarten bekannt, darunter mehr als 200 Schlangenarten. Bekannt ist die vom Aussterben bedrohte 8-9 m lange Anaconda, die in Sümpfen des Amazonastieflandes lebt. Ebenso wie die Boa constrictor ist die Anaconda ungiftig und zählt zu den Würgeschlangen. Die prächtige, schwarz-weiß-rote Korallenschlange dagegen ist eine äußerst giftige Vertreterin ihrer Gattung. Krokodile (cocodrilo) und Kaimane (caimán) leben in den Flussbereichen des Regenwaldes.

Zu all diesen verschiedensten Vögeln, Reptilien und Säugern gesellen sich rund 400 Froscharten und eine unzählige Menge Insekten wie Blattschneiderameisen, Gottesanbeterinnen, Riesenlibellen, Nachtfalter und Schmetterlinge sowie diverse Spinnenarten (Vogelspinne und Tarantel).

Die Galapagosinseln weisen aufgrund ihrer abgelegen geografischen Lage eine weltweit einzigartige Fauna auf. Rund 60% der Vogelarten und 90% der Reptilienarten leben nur auf diesen Inseln. Man spricht hier auch von einer Faunendisharmonie, da auf den Inseln nur einige Arten mit sehr unterschiedlichen Populationen leben.

Zu den Reptilien gehören verschiedene Schildkrötenarten, die bekannteste ist die Galapagos-Riesenschildkröte (Geochelone elephantopus). Den Lebensraum teilen sie sich mit den Landleguanen, die mit ihrem Rückenkamm und dem typischen Kopfnicken ihr Territorium verteidigen. Weitere Reptilien sind die Lavaechsen und fünf endemische Geckoarten.