Die vielfältigen Klimazonen und die unterschiedliche Landesnatur ließ in Ecuador eine ausgesprochen artenreiche Fauna entstehen.

Allein über 324 Säugetiere (25 davon sind endemisch, leben also nur in Ecuador) leben in dem kleinen Andenstaat. Der größte, aber gleichzeitig auch seltenste Vertreter der Säugetiere ist das Bergtapir (Dante del Monte). Es kann so groß wie eine Kuh werden und ist in den Páramo-Gebieten beheimatet.

Ameisenbären, Brillenbären (darunter der selten gewordene Oso de Anteojos, der im Andenraum lebt) und das in ganz Süd- und Mittelamerika beheimatete Gürteltier bewohnen zusammen mit Pumas, Jaguaren, Ozelote, Wasserschweinen und vielen anderen Säugern die äquatoriale Region.
Allein 17 verschieden Affenarten (Monos) leben in den Wäldern Ecuadors. Hierzu zählen Wollaffen, Springaffen und Verwandte der Kapuzineraffen.

Etwa 1600 Vogelarten (zum Vergleich: in ganz Europa leben rund 800 Arten), darunter 30 Raubvogelarten und circa 130 Kolibriarten kommen in Ecuador vor. Imposant, aber sehr selten zu sehen, ist der Kondor, der König der Anden. Mit einer Spannweite von bis zu 3,20m ist er der größte Raubvogel der Welt. Er hat sich tief in die Bergwaldregionen der Anden zurück gezogen. Bereits in den frühen Kulturen Ecuadors und Perus wurde der Kondor als heiliges Tier verehrt. Bekannt sind die oft zu sehenden Papageien (loros) und die bunten Tukane (tucán).